很快，蒋介石也抓到许崇智的把柄，认为许在廖案中有“疑点”，向汪精卫进言说：“许崇智与廖案主要人物梁鸿楷有染，如果任其下去，他掌握重兵，而且粤军跟随他多年，真要起事，就目前的力量，恐无人能与之抗衡。”
汪精卫听到蒋介石这话，心里也是吃惊不小，深知国民党中右派势力越来越猖狂，他们能杀廖仲恺，就能干出其他事来。
汪精卫说：“介石，此番动作非同小可，要有证据，才能让众人信服，现在国民政府刚刚成立，党内外人士还在观看。”
蒋介石说：“用不了多长时间，许崇智自己就会把证据给你看的。”
汪精卫对蒋介石的话，表面深信不疑，心里却打着鼓，故而未作声张，只是暗中嘱咐其从事要小心。
蒋介石握有许崇智的把柄，是他同梁鸿楷的几封私人信件，其中流露出他本人对廖仲恺的不满。这些，对蒋介石“处理”许崇智已经够了。廖仲恺案件的主要人物之一梁鸿楷，在此案发生后，曾穷凶极恶地说：“请转告汪精卫、蒋介石和许崇智，对此案也不要过急，那朱卓文若是因**杀掉廖仲恺，就是当众承认此事，也没什么大不了的。”
而且梁鸿楷还多次找许崇智商谈此事，因为刺廖的凶手多是许崇智的部下和现役军人。
蒋介石没有声张，暗中派人监视许崇智，最后得出结论，许崇智与刺廖案有瓜葛。聪明的蒋介石，有意让手下人将这个消息透露给许崇智，用蒋介石的话说就是“引蛇出洞”。这些情况，除了他和黄埔军校几位下级军官知道，别人亦无察觉。果然，许崇智有些坐不住了，悄悄调集广州外围的粤军。许崇智不想让蒋介石给自己打个措手不及，这样做只是进行最后的防卫，又哪里能料到，他已经成了蒋介石的笼中鸟。
许崇智，字汝为，广东番禺人，曾留学日本士官学校，是个老同盟会会员。武昌起义前，是广州新军第十镇协统，后率新军十镇起事，任前敌总指挥，率部攻克福州城后，推选为福建海陆军总司令。参加过讨袁军，后又亡命日本，是第一批中华革命党的党员。护法运动时任援闽粤军支队司令，后来这支军队编为两个军，许崇智任第二军军长，克复广州后，便请孙中山入主广州。自此，孙中山任命许崇智为粤军总司令，在当时，这也是孙中山唯一能调动的军队。当时，许崇智和蒋介石都是孙中山信任的军人，蒋介石在国民党元老张静江介绍下，曾与许崇智换过兰谱。实际上，许崇智对蒋介石为人也有所闻，只是认为他资历浅，又没有兵权，也曾给过关照。国共合作后，蒋介石为逐步得到进步人士的信任，表现出左的倾向，而许崇智却同国民党右派势力打得火热。许崇智身为粤军总司令，控制着军队的军权和财政。从这一点来看，他反对廖仲恺的“财政统一”，似乎也是顺理成章的。
蒋介石抓住许崇智这个口实，还不足以名正言顺将其扳倒，便暗中策动粤军的李济深和陈铭枢，并收买了许崇智的嫡系第二师旅长谭曙卿。
许崇智暗中调其驻东莞、石龙的粤军马许济和莫雄两部回兵广州，以防肘腋生变，想用武力挟持蒋介石，使自己有个缓冲。监视之下，情报早已到了蒋介石那里，他连夜请示汪精卫，请求从速处理许部“叛军”。汪精卫此刻完全相信蒋介石，迅速以军事委员会主席的身份做出决定，命蒋介石以广州卫戍司令的身份、全权处理广州局势。
蒋介石得令后，19日密令黄埔学生大队、第一军的四团和五团，以及粤军的两个旅，迅速解决了许崇智调回的部队，而且还动用了军舰。许崇智的部队多是参加革命的老士兵，在蒋介石的“革命”感召下，几乎没有任何抵抗。晚上十点，黄埔学生军包围了许崇智的宅邸。蒋介石捎去短函，让许崇智离开广州。
许崇智坚决不从命，将电话要通蒋介石说：“你等陷我如此地步，究竟是什么用意？”
蒋介石在电话里说：“你为兄，可不要这样讲话，我一生追求革命，誓为实现总理的三民主义伟大构想，谈何陷你？你走到现在，谁也不能救你，看在我们朋友一场，你最好还是悄悄隐退为上策。你串通梁鸿楷，谋反国民政府，我是有证据的……”
听到此处，许崇智摔掉电话，暗自悲伤，想到他为国民革命出生入死，追随孙中山，到头来反而被自称孙中山的继承人给逼成这个样子，心里真是不服，他现在还有些幻想，那就是希望他嫡系部队能帮助解围。蒋介石很快就断了许崇智的念头，令两个团围住东莞，又令原粤军谭曙卿、陆海泉、魏丽黄三个旅，追击许崇智心腹莫雄，并呈请国民政府任命谭曙卿代理粤军第三师师长。许崇智虽然见大势已去，仍然不甘心离开广州，要求见汪精卫，未能如愿，才得知这广州城是呆不下去了，若想留住小命，最好还是听蒋介石的摆布。
许崇智囚在宅邸内，四处重兵把守，只等着他最后答复国民政府要求他离粤的日期。
蒋介石在国民党政治协商会上，例数了许崇智十大罪状。汪精卫听了，也觉得有些夸大，可现在已经走到这一步，而且许崇智确实回兵广州，谁又能说他不是“反叛”？
蒋介石又不失时机复函许崇智，言辞虽不是很激烈，却是最后通牒：
汝为兄：总理逝世，中心失所，吾党同志，各军将士，无不惟兄是赖，而愚忠如弟期望之殷，更不待言。盖皆以为吾兄必能上承总理大业，下抚师旅有众，促进革命成功，解除全民痛苦也。乃还师迄今，时经百日，身当军局要职，百无一举，军队散漫如故也。饷糈之偏枯倍前也。其于整军实，图远谋，定大计，寂无所闻。纵降而至于军饷军额，为革命军之根本问题，亦且未能规及，一任革命健儿灰心堕气，致令总理革命之主张，无法贯彻。吾兄为军政与财政领袖，是不能躲避责任的。如果汝为兄不以不材为不忠，且能反躬自省，深知既往之非，不惑宵小之言，该当毅然独断，保全名节，则兄不如暂离粤境。如果兄赞同，吾可为兄准备一切，至于兄所部队，弟当负责维持，不负兄初意。惟兄明鉴。
许崇智接到蒋介石的信函，气得半天讲不出话，可现在他已无回天之力，只能任蒋介石随意处置。
两天后，国民党政治委员会做出决议，许崇智解职赴沪，由陈铭枢护送离粤。许崇智心里一直认为这次迫他离粤是汪精卫的主意，尽管他心里也明白蒋介石从中做梗，却没有想到正是他自己一步步走进蒋介石的陷阱。
国民党政治委员会决定许崇智去职的同时，任命谭延闿为署理军事部长，宋子文为财政部部长兼广东省财政厅厅长。蒋介石以陈炯明虎视广东为由，加紧了他的军事部署，把许崇智的粤军解散收编，归他第一军指挥，由此迈出他攫取国民党最高统帅最有力的一步，控制了广东的军政实权。
广州城刚刚安稳不多日，叛军陈炯明在英美帝国主义的帮助下，趁东征军回师广州之际，又阴谋东山再起。陈炯明对港英当局拍着胸脯信誓旦旦，声称只要有钱，必能战胜国民革命军。港英当局倒也大方，马上拨出一百万发子弹及百万元现金。北京的段祺瑞也没闲着，暗中和陈炯明通款，许以三十万块钱和两艘军舰。陈炯明勾结琼崖的邓本殷、高雷等部，从闽、赣边境出动，合围广州，以图重霸。败军林虎、洪兆麟、叶举三得到补给，由刘志陆指挥，向普宁、惠来、潮阳进攻。
九月中旬，陈炯明任总指挥，令刘志陆统兵分三路向东江进攻，左路谢文炳率部进犯海陆丰；右路军林烈直捣老隆、河源；中路由五华进发，会同左右路军。关键时刻，曾投降东征军的杨坤如，在陈炯明利禄的诱惑下，重又反叛，悄无声息地占领了战略要地惠州。
由于东征大军为确保广州大本营的安危，部队已经撤防，使得陈炯明的主力部队如入无人之境，得以长驱直入，仅仅几天就占领了潮州、梅州和东江一带。叛军部队得手后，加倍疯狂，使还没喘过气来的粤东百姓，转眼又陷入战火之中。
陈炯明得志更猖狂，由于他给养充足，又在当地鱼肉百姓，叛军官兵们得到甜头，士气正旺，便借此向所挟叛军下达进攻广州的命令，并扬言，进驻广州城后，放假二天。“放假”是大抢劫的暗语。叛军多是雇佣性质，听到总头领的许诺，也是疯狂有加。情况十分危急。
坐镇广州的汪精卫，召开了非常军事会议，经过几番政治、军事风雨的蒋介石，这回该唱主角了。蒋介石利用廖案“流放”了胡汉民，撵走了许崇智，充分显示他的才能。对付汪精卫，蒋介石手里还有—张王牌，那就是孙中山在去年写给他的—封信，信中说：“为担负非常的任务，革命委员会应该立刻成立，不过，这个委员会或许不让汪精卫参加进去，按照他的性格，他喜欢妥协，解决问题也不够果断……如果局势未能支持住并遭失败，我们应该快刀斩乱麻，而不要看到我们胜还是败。目前的革命委员会就应该作这种准备，而为此，汪精卫是不适宜的。”
蒋介石认为汪精卫是个有名的左派，无论是国民党还是共产党、或是党外，口碑很好，如果急急就把总理这封信拿出来，弄不好会引火烧身的，但他想到，让这封信就藏在保险箱内，发挥不了应有的作用，便私下旁敲侧击，把孙中山给他这封私人信件，暗示给汪精卫。汪精卫是个非常虚伪的人，他倒不怕蒋介石拿这封信在党内破坏他的威信，因为党内的同志也都知道，形势是多变的，政局亦是如此，昨天的敌人就可能成为今天的朋友，总理这封信显然是针对时局，他只是怕蒋介石借题发挥，让他面子不好看，便装聋作哑，在国民党政治会议上提出第二次东征，并任命蒋介石为东征军总司令。这就是说，蒋介石的军事权力已经达到国民政府的顶峰。
躇踌满志的蒋介石，立刻着手作战方案，并启用得力的军官。
作为二次东征总指挥的蒋介石，为应付多变的战局，将部下分为三个纵队，以何应钦为第一纵队长，辖第一师、二师等部，沿东江右岸向响水、博罗前进，直攻惠州；以李济深为第二纵队队长，辖十一师、独立第—旅、第十二师三十四团及潮、梅留守部队，沿东江左岸向淡水、马鞍前进；以程潜为第三纵队队长，率部分部队，协同第一纵队向博罗附近前进。
作战计划完毕，蒋介石在大雨中下达了出发令。东征人马，与陈炯明叛军不同，多是有革命理想的官兵，他们为了捍卫自己的革命成果，随时准备为国殉身。第一纵队队长何应钦，字敬之，原籍江西，生于贵州兴义，时年二十五岁，正是年轻有为。他早年留学日本，先入振武学堂，后考入士官学校步兵科，并在日本加入了同盟会。辛亥革命后，投靠了上海陈其美。二次革命失败后，何应钦又去了日本，完成士官学校的学业，归国后，任黔军团长、旅长，后升至黔军参谋长。孙中山回师广州后，何应钦任大元帅府参谋长，黄埔军校成立后，由蒋介石推荐，为军校战术少将总教官。这次东征受到蒋介石的重视，二十五岁的何应钦，心情很是不平静。
得令后，何应钦率一纵队，攻打最为坚固的惠州城。
惠州也是陈炯明的老窝，此战役有一锤定乾坤之味道。
惠州城形同天险，三面临水，一面临山，城门高十余米，湖中有堤坝直通城门。蒋介石随同第一纵队作战，第一师移驻博罗后，二师攻打惠州城北门。总攻命令下达后，蒋介石同何应钦到第三师阵地飞鹅岭嘹望惠州城。此时，攻城部队已经准备完毕，由六百五十名士兵组成。在两门野炮和二十多挺机枪的配合下，攻城部队力图冲进北门，但敌守军利用手榴弹和密集的轻重机枪将攻城部队的五次冲锋都压了下去。一个团的营长和连长都中弹身亡，只剩下预备队，何应钦不得已只好下达撤退命令。
蒋介石异常沮丧，在临时指挥部来回踱着步子。此时，指挥部内有入主张迂回，放弃攻打惠州。正在蒋介石犹豫不决时，第一师党代表周恩来赶来了。
蒋介石对周恩来说：“恩来，你来得正好，我军在惠州城下已经损伤多半，多数人认为惠州不易拿下，如此硬攻只等于以卵击石。你的意见如何？”
周恩来走到图前，坚定说：“我认为必须拿下惠州。这座城池是东征的最大阻碍，如果不将此攻克，不必说影响到其他两个纵队的前进，而且势必留下后患。我的主张是，要不惜任何代价，用野炮和轻重机枪掩护，发起攻击。”
蒋介石沉吟片刻说：“我同意恩来的意见。敬之，你做准备，要尽快拿下惠州。”
周恩来说：“守军本是叛军杨坤如，他的士气不会太高涨，如果我们能有一人冲上去，胜利就是我们的。”
周恩来言罢，留在三师，在前沿指挥作战。
何应钦再次下达攻城命令，东征军冒着密集的枪弹，前仆后继，终于攻下惠州城。第三师第四团率先进入惠州，俘敌四千余名。其余残部在杨坤如的带领下，由柏田向平山溃逃。革命军攻克惠州，士气大增，叛军虽然失去惠州，可残余势力仍然很强大。海丰方面有洪兆麟、谢文炳部五千余人；河源有翁辉庭部三干余人；埔心有黄业兴部三千余人；紫金有黄任寰部两千余人，而李易标和刘志陆部也分别活动于高潭、阿婆、河田一带。东征军攻下惠州后，又分三路，右路第一纵队经海林出海丰；第三纵队为中路，经平山出三多祝；第三纵队为左路军，经石公神出河源。
第二纵队为中路军，由李济深统辖，驱逐庵墟之敌后，又转向蓝塘。这时，叛军林虎、刘志陆、李易标等部一万余人，也由蓝塘向新庵墟进袭，试图切断中路军。李济深，字任潮，广西苍梧人，少年时入广东黄埔中学，后入北京陆军大学，参加孙中山先生的北伐军后，就任师参谋长，代理师长，现为黄埔军校教练部主任。而立之年的李济深，也是首次率重兵，他领着中路纵队在热汤和叛军遭遇，展开了拉锯战，双方争持不下，各有伤亡，激战至次日拂晓。适值革命军第十一师陈济棠部赶来，抄了叛军后路，而且潮梅部分留守部队也来增援，终将敌人打退，占领了蓝塘。三天后，革命军迅速扩大战果，攻克了紫金。
右路军几经苦战后，打败了洪兆麟、谢文炳部，克复了海丰，进抵河婆。左路军在程潜的指挥下，策应右路军，击退河源之敌人，又向老隆、五华进军。左路纵队队长程潜，字颂云，湖南醴陵人，十六岁中秀才，后在长沙城南书院和岳麓书院求学。不久，他考入湖南陆军讲武堂，后被保送到日本留学，初入振武学校，又考入日本陆军士官学校第六期炮兵科，与李烈钧、唐继尧是同学，也是蒋介石的学兄。在日本留学时，加入了同盟会。毕业后，程潜先在四川训练新军，后受同盟会委派，任长江上游联络员。辛亥革命发生，程潜南下武汉，协助黄兴守汉阳，失守后，程潜回到湖南。二次革命后，湖南宣告独立，程潜任军事厅厅长，失败后，遂亡命日本，入早稻田大学政经系学习。袁世凯称帝后，程潜归国，欲加入蔡锷的护国军，但到昆明后，蔡锷已经出发，唐继尧、李烈钧提议委任他为护国湖南招抚使，并拨少数部队，让他到湖南发展。程潜从昆明出发，经贵州到达湖南南靖县，实力得到迅速扩充，就任湖南护军总司令，并向长沙进军，很快赶走了北洋军阀汤芗铭，但当时因为湖南军阀赵恒惕拥护谭延闿回湘，他愤而离开长沙，转道上海。次年，程潜被孙中山派往湖南，策动湘军第一师第二旅参加护法，反对北洋政府，任湘南总司令，驻守衡南。两年后，被吴佩孚击败，退入广东韶关。孙中山在广州就任非常大总统时，陈炯明被任命为陆军部长，程潜任次长。在陈炯明叛变时，程潜坚决站在孙中山一边，并冒险当说客，劝说陈炯明不要阻止北伐；陈炯明叛变后，程潜随孙中山登舰应变，旋奉命为讨逆总司令，征军入援。叛军重被赶出广州后，程潜被孙中山任命为军政部部长。由此见出，程潜也是老资格的革命军军官。
再说二次东征，正当程潜率部往五华进兵之时，叛军残部退到华阳、塘湖一带，重新集结，企图反攻。
这时，右路纵队何应钦率第三师向华阳进击，行至塘湖附近，便与守敌接火，由于后援不足，敌人兵力又强于革命军，何应钦下令第三师退守洋湖角，等待时机。协同作战的陈济棠和冯轶裴部，从李济深中路军那里奉命赶来，前往华阳增援。
叛军躲开革命军的锋芒，转向河婆进攻，结果遭到那里的守备一师顽强的阻击，创伤惨痛，只好向安流、双头退却。陈济棠，字伯南，广东防城人，今年三十四岁，一直在广东活动。陈济棠在广东陆军速成学校步兵科毕业后，就在广东军队内任下级军官，从营长升至旅长，现为国民政府第四军第十一师师长。当陈济棠率部抵华阳后，马上随着第一师向梅林、安流前进，他又将第十一师分成若干纵队，拉开大网，将叛军包围起来。疲惫不堪的叛军没有一点能力反抗，在东征军巧妙的攻势下，士气低落，投降缴械者达五千余人，有两干多名叛军漏网之后，疯狂向汤坑逃窜。
东征军三个纵队，在蒋介石的指挥下，长驱直入，连继克五华、兴宁、梅县、大埔后，又占领了潮汕、饶平。陈炯明这回可真是输光了老本，如同丧家之犬，向闽边境流窜。与此同时，广东革命政府又进行了南征，肃清了南部一些地方军阀。南征总指挥为朱培德，陈铭枢率第一路；王钧率第二路；戴岳率第三路；俞作柏率第四路；陈章甫率右侧支队，会战南阳。
东征一月有余，国民革命军将广东境内之敌全部肃清。
叛军总指挥刘志陆乘军舰逃往香港，洪兆麟乘船赴沪间，为一个叫韦祺的人刺死。
陈炯明多年经营的地盘、军队，全部瓦解，可他身陷困境，仍不甘心退出历史舞台，只身逃往香港后，开始了他的政治投机，妄图重返政坛。他在商团叛首陈廉伯的资助下，在香港还出版了《中国统一刍议》一书。章炳麟为该书作了序。这本所谓中国统一的书，分理论、办法、忠告三章，还有统一方案、南北妥协运动、外交赞助运动等等小节。洋洋万言中，无非又是陈炯明用来反对孙中山那套“联省自治”的翻版，而且他还在书中对刚刚新生的共产党进行了论说：
且赤寇祸国，由于联俄纵共而来。今日引狼之祸已成，噬及自身，乃知痛痒而绝之，绝之诚是也。但知清党而不知清共，一任**在党外活动，自悬苏维埃之旗帜，焚杀各县之良民。党军熟视无睹，且遮断其新闻，希图免受国内之指摘，而其兵力，则用于同党相斫之场。如广东现状，是其尤著者也。其匪乘此机会，专在田间，煽动莠良，编练赤卫军，以抵国民党之隙，火已燎原，而犹不思早息兵祸，专事扑灭**，以自赎于国民，相率而为地盘之争，坐视赤寇养成，赤地千里，将来国民政府之命运，不结束于内部之争夺，必结束于赤寇之蔓延。
实际上，陈炯明也不过是借**而反对孙中山的三大政策罢了，在失魂落魄之际，也是希望东山再起，利用另一种方式来满足他的野心。
时过境迁，往日中国西南联治盟主的威风，早已成了过眼云烟，他煞费苦心写的那本小书，也没什么反应，人们所看到的，只不过是一个军阀无奈的哀鸣。东北沦陷后，陈炯明又发表了告国人书，一方面取媚于日本人，一方面大骂共产党，他说：
“目前心腹大患尤非较轻于日寇。共产党遍布南部各省，随时皆可乘机爆发，现闻江西警耗，红军有窜入广东之企图，如果倾巢而来，我三千万粤人，先供其制造其恐怖牺牲，决无幸免。中国造成赤色，狂飙东吹，日本帝国主义及其资本社会，势必随之俱倒，故此次日人侵我，使我顿失镇压**之能力，我固不幸，日亦自杀。鹬蚌相争，同归于尽。”
贫病交加的陈炯明，在这种情况下，仍不甘心灭亡，暗中联系北洋军阀头子段祺瑞，组织所谓“共和大同盟”。两位失势的军阀没有军队没有地盘，显然也是自己给自己开心。经过一段日子，陈炯明在失意和忧郁中，患了肠炎，病死在香港，结束了他复杂曲折的一生。
国民政府取得东征胜利后，平定了广东境内的所有叛军，一时间，广东呈现出一派和平的气氛。
广东平叛的同时，中原的局部战事一直也没有停下来过。
195年后，段祺瑞独断专行召开了善后会议，可开了二十多次的善后会议，除了制定了几个不疼不痒的条例外，几乎没做什么。说起来，段执政也像历届总统一样，不过是个傀儡，北京政府处在张作霖和冯玉祥之间，他左也不是右也不是，尽管他玩弄政局，搞出类似制宪的策略，但军阀之间，早已经战云密布，大有山雨欲来之势。
首先是张作霖为了给卢永祥出一口所谓的“气”，明里暗里要向江南及长江下游发展自己的势力。卢永祥当然心领神会，巴不得尽快从齐燮元手里把江苏给夺回来。段祺瑞一方面想给自己以前的皖系部下卢永祥找块地盘，一方面又有些不放心卢永祥对张作霖的态度。恐挑起祸端。段祺瑞担心卢永祥一旦给张作霖开了方便之门，江南遭炮火涂炭，但细想，把江苏给皖系的卢永祥总比给齐燮元更保险一些。这种情说况下，段祺瑞在张作霖的压力下，免去齐燮元的官职，任命卢永祥为苏、皖宣抚使。
出乎段祺瑞所料，齐燮元欣然从命，将苏督职权移交给韩国钧兼理。
齐燮元此举令人生疑，多有不解。（未完待续）