在尹峰和中华公司全力投入到辽东战役和南洋大战中去的这两年，大明朝廷高层政治斗争异常激烈，最终结果是形成了一个“众正盈朝，而小人侧目”的局面。
天启元年开始，东林党人渐渐在朝廷占了上风，与他们不和的大臣统统被轰下台。在天启二年年初，围绕着万历朝的妖书案、挺击案以及泰昌朝的移宫案，东林党人重翻老账猛烈攻击对手。到这一年年底，叶向高、韩光方辅政，赵南星掌铃，家居三十年的高攀龙起用为光禄寺少卿，孙承宗以兵部尚书兼东阁大学士，参预机务。其余比如杨涟、左光斗秉宪，李腾芳、陈于庭辅佐，魏大中、袁化中长科道，郑三俊、李邦华、孙居相、王之案辈悉登卿贰，而四司之属邹维涟、夏嘉遇、张光前、程国祥、刘廷谏……朝堂上下、内阁六部及科道诸臣，几乎全部被东林中人把持。
天启皇帝是有名的木工爱好者，司礼监掌印太监王体乾以及魏忠贤每每等天启帝于斧砍刀削、解衣盘礴之际，非平素亲昵近臣不得窥视的时候，向他呈报奏章文书，天启帝毫不在意地一概推给他们自行决定。不过，此时的司礼监秉笔太监兼掌东厂太监魏忠贤羽翼未丰，在外受到东林中人压制，在内还有王体乾争权，因此还在宫中养精蓄锐等待时机。
既然是正人君子当朝，朝政当然得焕然刷新。本朝如今内忧外患层出不穷，当务之急之一，就是威胁到了南直隶安危的浙北新军叛乱。从天启二年五月开始，朝廷集结大军在浙北，准备剿灭新军叛乱。
平心而论，此次剿灭浙北叛军，东林的上上下下，无论在朝在野，确实也是下了狠心、动用了血本。兵部、户部从辽东军饷抽调银子给江西、四川各路官军发饷，孙承宗以兵部尚书之尊亲自来南京督阵督饷。原先为“新军”协饷的那些江南富户，也在很多同为江南人士的东林党人带动下，主动为朝廷大军助饷。
有了充足的饷银，各路官军向聚集杭州周围的叛军围了过去。
其实，在围城刚开始，罗晓明炮营中的大部人马就已经脱离叛军大队，抛下那些重火器投往江南中华军控制区。两个月后，久攻杭州城不克的叛军已经发生了内讧：原属新军、明朝官军的叛乱分子和各路裹挟进来的各路叛军、土匪开始争抢粮食补给，在指挥权、战利品分配权上发生争吵，最后发展为内讧火并。
这时全国范围内到处有官兵闹饷叛乱，江西、南直隶、浙西各处叛乱士兵陆陆续续向杭州集结，使得江南灵秀之地，变成了一片生灵涂炭、水深火热的人间地狱。原新军中的骨干军官，凡属中华军地下工作人员系统的，都已经脱离了叛军；还有一些本来属于新军和官军低级军官的叛军头目，因为原本就来自明朝官军系统，也在战局不利的情况下，试探着向明朝官府和中华公司两方联络。
本来这是一个迅速结束浙北混乱局面的机会，但是东林党人政治上的顽固和不知变通使得这个机会转瞬即逝。坐镇南京督战的兵部尚书孙承宗自持已经集结了十万各地官军，一口拒绝了叛军提出的投降条件：专立一军镇守浙东。他写檄文发布浙北各地，声言“天朝绝不与叛逆言和，务必痛剿。”
本来内部分崩离析的叛军至此不得不暂时团结起来一致对外。
在各大叛军头目会商后，原新军炮营副统领江成被推举为首领。此人原为义乌鸟铳兵，浙江原副总兵罗庆的属下。他打过澎湖之战、南京之战，实在是位经验丰富的百战老兵。在他指挥下，各路土匪分掠浙江各地打粮，诸路叛军士兵分几路骚扰牵制江西、福建、南直隶等官兵，原新军为主的叛军在杭州城北设伏。
杭州城北皋亭山下，天启二年的五月，一个春光明媚的日子里，朝廷官军的进剿主力-南直隶军与川军在行进中遇到了伏击。叛乱军队中唯一的骑兵，原先驻守南直隶的江西九江兵-哦，当时应该称为九江叛军了。他们袭击了官军后，迅速脱离战场，引诱官军大队追击到了皋亭山南麓。早就埋伏好的原新军炮营在山上开火，连四门西洋红衣大炮也用上了。虽然叛军炮营的骨干基本都投奔了中华军，但是剩下的那些接受过葡萄牙炮手完整训练的炮兵，还是能够把这些大炮操作起来的。官军密集的追击纵队被一阵阵炮火打击，立刻陷入一片混乱。叛军这时四下里伏兵突起，将官兵立刻打得彻底崩溃。他们甚至追杀官兵一直到了长兴县城，浙江与南直隶的交界处。
就这样，官兵第一次对浙北叛乱武装的全面进剿失败了，损失极其惨重。
其后，孙承宗果断下令周边各军以守为主，力主全面防御战略，堵截浙北叛军向浙南浙西及省外的发展。他为坚持防御，不惜与朝廷中的东林官员反复争论。虽然他自己也算东林一员，原先却是极少参与朝堂争吵的。
他的计划很快有了成效。暂时失去了外部威胁的叛军，再次开始了内讧争斗。叛军没有统一的指挥系统，没有公认的领导，也没有什么一致的政治目标。这伙人如同一盘散沙，有三个主要组成部分：原新军、原各路明军官兵、浙北浙西等地土匪及被裹挟民众。到了天启二年六月，这三个组成部分再次陷入内讧火并。
不断有叛军头目被打死的消息传来，不断有小股叛军向杭州城内的官兵投降，这场内讧完全失去了控制，最后，叛乱武装就地瓦解，在杭州城周围被陆续剿灭。六月底，余姚、慈溪等地也被收复，新军叛乱持续了近7个月，最终自我瓦解了。
7月，兵部尚书孙承宗任南京经略，明朝军事力量开始集结南京周围，打算收复江南半壁江山-在中华军控制下的江南东部地区。
在明朝朝廷看来，江南局面一直是尴尬地摆在那里寒碜人的。大明朝从来秉承的三不原则：不行款、不割地、不和亲，摆在江南地方以及福建、海南等地，就成了自打耳光的摆设。
无论如何，海禁是祖宗之制，适当放松已经是极限。因此，反对海禁的中华公司的存在是不可容忍的。
东林中人秉承道德上的正直办事，并无一人能真正看清中华公司的面貌。实际上，中华公司正在主导整个中国沿海的海外贸易秩序，而且还以各种手段打入国内市场。明朝海禁，实际就是把海外和国内市场之间的贸易全盘推给了中华公司经营，明朝官府实际上是在用国内各大商家和中华公司的贸易利润，帮助了中华公司的扩张。因为海禁政策，海外贸易利润明朝官府根本难以拿到，而这些收益则是让国内各大商家不断为和中华公司供货的动力。
虽然无人能看透这点，但是江南的中华军控制区在这五年内，已经成为全国最大的海外走私贸易集散地。这使得很多明朝官员都为之愤怒、嫉妒、恨，特别是自身家族在江南的那些人士。
江南是中国主要出口产品丝绸的主产地，中华军控制了半壁江南及长江口，几乎就是垄断了丝绸海外贸易。以最主要的生丝贸易为例：一担生丝从江南各地收购到中华公司仓库，中华公司的收购价为每担七十到八十两白银，而他们甚至不用把货挪地方，转手就可以以二百五十两的价格卖给前来收购生丝的日本商人。而转运到台湾、吕宋与葡萄牙人、西班牙人交易的生丝可达到二百八十两的价格，运到马六甲、万丹与西洋、阿拉伯人交易的生丝，天启二年由于战争原因价格飙升到四百两白银。当然，在这里参与收购、运输生丝还有国内各大商家的势力，只是海上运输时都是打着中华军旗帜的。
江南东部这些年因为中华公司的海外贸易而繁荣，但是江南那些朝廷官员的家族由于政治立场关系，无法参与到热火朝天的海外贸易中去。
虽然江南官绅士族也有暗地里和中华联合公司进行贸易的，但是鉴于东林党人喜欢在一切涉及道德的问题上穷究，这些暗地里的交易不可能做大。而陈衷纪的江南镇守府，对东林党人完全不当回事，对他们这些东林党人的家族与其他士绅地主一视同仁。凡有人犯事，一律严惩，毫不留情。对于公然违抗中华军法令的，抄家灭族然后分土地，也是毫无例外。
所以，最激烈主张对中华军开战的，就是这些家住江南地区的东林党人。
十一月底，刚刚从南洋的战事中换过一口气的尹峰，接到了郑芝虎在松花江与呼兰河交汇处发来的战报：中华军在此地击败了阿巴泰满洲残余部队与蒙古人的联军，敌人已经向北向西溃逃。在冬季结束前，东北不会再有什么战事发生了。
郑芝虎打胜仗的地方，在另一时空中被称为哈尔滨。他的主要兵力是本地人组成的辽东保安队及开拓团民兵，中华军在东北地区的兵力已经严重不足：朝鲜国内又开始出现不稳局势，辽河对岸的明军也蠢蠢欲动。尹峰向辽东发去命令，中华军全体在整个东北进入全面防御状态。
在中华军参与的各地战事渐渐平息之时，江南地区却是开始出现剑拔弩张的局面。同时，福建官兵也开始向南集结兵力，江西、两广的官兵也在向闽南移动。