朱由榔即位之初，的确动过要重建五军都督府的心思，由此恢复武将对军队的控制权。但在他全面了解五军都督府的运作之后，打消这个念头。
明朝的五军都督府依赖卫所制运转，然而大明各地卫所弊端丛生，早已糜烂不堪，对内不能镇压反抗，对外亦不能御敌，逐渐丧失了在军事政策的话语权，由此以武臣为首的军事指挥系统完全纳入文臣的指挥之下。
朱由榔不得不另设一军事机构，军机处的设想也因此而生，正好丁奎楚的话给了他一个很好的借口。
丁奎楚哪怕不知道这军机处为何物，但光听这名字也知道不妙。这军机处若是真的设立起来，依照着皇上的态度，军机处肯定是武将主导，他们再想要和以前一样压制武将，绝不是一时三刻能办到的，更何况此时大明战乱不休，正是武将建功立业之时。
丁奎楚一下子傻眼了，他恨不伸手狠狠给自己来一个嘴巴子。早知道朱由榔有此打算，他哪里会多这么一嘴。
就算朱由榔将军权交给五军都督府，五军都督府也无兵可用，还不得依靠各地巡抚、总督，到头来还不是一副空架子。
“皇上，此举是否太草率了。朝廷重设一机构非一朝一夕之功，而且还会引发朝廷动荡，臣以为不妥！”丁奎楚急忙补救道。
何吾驺亦明白其中利害，奏道：“臣附议，如今建奴尚在肆虐江南，皇上此举恐会在前线引发军心动荡，皇上三思！”
朱由榔抿了口茶，气定神闲道：“你们都别先急着反对，听朕慢慢道来。”
“这军机处，朕准备设军机阁员五名，品阶列为正二品，下设军政部、军法部、参谋部、武装部、后勤部，由军机阁员分领。
军政部负责军队作战、训练等；军法部负责维持军纪；参谋部负责军队宣传教化、情报；武装部负责军械维护修理；后勤部负责各种军需、医疗。
......”
朱由榔说的是滔滔不绝，将其中各部门职能一一道来，这一说就是半个时辰。
丁奎楚越听越是心惊，到了这个地步，岂能不明白皇上绝对是蓄谋已久。
皇上分明是要削弱兵部的权利，打造一个独属于武臣的军事指挥系统。
若按照朱由榔这个想法施行，将来这军机处的地位足以与内阁相提并论。
丁奎楚只觉得背脊悠地透过一股寒气，额头沁出的冷汗顺着脸颊不住往下流，他心里只有一个念头，事情大条了！
在场的大臣们听完，一个个也都忍不住倒吸口冷气，震惊之色跃然于脸上。
瞿式耜脸色涨红，颔下胡须乱颤，激动道：“皇上，这军机处与兵部多有重合，如此一来，两边官员职责不清，一遇战事，是该由军机处备战，还是兵部？
除此之外，皇上此举也会造成冗官，增加官员俸禄开支，朝廷难堪重负，这军机处实无必要。”
瞿式耜身为兵部尚书，皇上要削兵部的权，他怎能不激动。
丁奎楚在一旁帮腔道：“瞿尚书说的在理，臣以为此事还是应从长计议。”
“启奏皇上，最近朝廷既要募兵，又要兴建兵工厂，国库已经快要见底了。”何吾驺亦随后上奏。
陈子壮沉思片刻，道：“皇上，臣以为朝廷的当务之急是加紧训练一支精兵，打造一支能与建奴一战的军队。”
尽管陈子壮心底里惊叹朱由榔的想法，但这时候他不认为朝廷应该将精力放在这方面，毕竟这军机处只是个构想，需要时间来验证，朝廷有兵部就够了。
总之一句话，整个内阁都不同意朱由榔设立军机处。
朱由榔对眼前的情景见怪不怪，文臣武将天然不对头，内阁一帮文官能轻易松口才怪。
朱由榔丝毫不以为意，不紧不慢道：“你们说的问题在朕看来都不是什么大事，既是职责不清，那就将兵部重合的部门直接划分到军机处好了，这样冗官的问题自然也就没有了。”
“那怎么行？”瞿式耜闻言瞪大了眼睛，不由惊呼出声。
皇上这是赤裸裸拆分兵部啊！
朱由榔脸色骤变，冷冷道：“为何不能？他们都是为朝廷效力，在兵部做事就行，在军机处就不可以吗？还是说你眷恋手中权力，舍不得放手？”
“臣不敢！”瞿式耜匍匐在地，他这时候无论再说什么都有栈恋权力之嫌，一时间竟无言以对。
“皇上息怒，瞿尚书绝无此心。”陈子壮见皇上动怒，当即替其说情道，“瞿尚书只是担心此举会造成文武不和，毕竟文官与武官处事方式不同，难免有摩擦，到时候会贻误战事。臣相信在皇上的领导之下，兵部有能力统筹战事，收复失地，驱除鞑虏。”
朱由榔听后自嘲道：“你们倒是对朕有信心，可是朕只看事实。事实就是我大明的军队由着你们文臣外行领导内行，一败再败，朕在兵部身上已看不到希望。”
“皇上，战事失利绝非一人之过，其中原因错综复杂，非一两句能说得清。况且文臣也并非不善战事，远的不说，卢象升、孙传庭均是进士出身，哪一个不是良将。”陈子壮急忙道。
朱由榔听陈子壮提及卢象升、孙传庭，眼中不由流露出一丝惋惜之色，缓缓道：“是呀！可惜，我大明这样的能文能武的又有几人？”
这时，一直一言不发的蒋德璟却是开口道：“臣敢问皇上，如此重用武将，一旦其坐大，可有防范之法？本朝武将权势虽不及唐末藩镇节度使，但尚有尾大不掉的左良玉，以及跋扈自雄的江北四镇？”
丁奎楚正急得团团转，听到蒋德璟的话，顿时眼前一亮，直谏道：“皇上，前车之鉴不得不防，本朝在各地设巡抚、总督亦是出于此考虑。如今天下战事不休，若任由武将执掌军权，恐造成大患，到时候外有强敌，内有隐忧，大明危矣！为大明江山计，这军机处设不得啊！”
朱由榔点了点头，慢条斯理道：“卿等所虑甚是，此事朕亦有考量。”
丁奎楚不知为何，没来由身体一颤，他听朱由榔这副胸有成竹的语气，竟生出一丝不妙的感觉。
丁奎楚忽然想到，好像先前他阻止朱由榔恢复五军都督府军权之时，朱由榔也是这副语气，这次不会又出什么岔子吧！