宣德朝以后大学士都有宫职，早就不是什么五品官了，所以朱由崧这番改动只是顺应现实，因此是不会有人跳出来反对的！
在马士英等内阁大臣领旨后，朱由崧往下说道：“詹事府与翰林院一并保留，作为朕及内阁的咨询机构！”
詹事府原本应该是太子的辅弼机构，但为了避免后世皇帝对太子的忌惮，所以，朱由崧决议把詹事府变成自己和内阁的辅助单位----过去，在没有太子的时候，詹事府一职是翰林官升迁时寄名的地方，但现在朱由崧要进行一些改变。
“今后，翰林院学士定为从三品、定员一人，侍读学士定为正四品、定员一人，侍讲学士定为从四品、定员二人，侍读为正五品、定员三至四人，侍讲为从五品、定员五至六人，修撰为正六品、编修为从六品、检讨为正七品，以上不定员，至于翰林院五经博士、典籍、侍书、待诏、孔目等一如过往。”
朱由崧等于增加了翰林院的编制，并给翰林院官员升官了，在场的人自然也不会反对的。
“今后翰林院承担三项工作，第一，组织庶吉士培训，第二，编写起居录和国史，第三作为朕和内阁的咨询机构，为朕和内阁的决策提供过往经验；另外，各级翰林，以前例，从庶吉士中留用。”
朱由崧顿了顿，继续道：“詹事府詹事定为正三品、定员一人，少詹事定为从三品、定员一人，左右春坊大学士降为左右春坊学士，定为正四品，各一员，左右庶子定为从四品，各两员，左右谕德定为正五品，各两员，左右中允为从五品，各两员，左右赞善为正六品，各两员，左右司直郎为从六品、各两员，左右清纪郎为正七品，各两员，左右司谏为从七品，各四员；司经局冼马为正五品、置一员，司经局校书正九品、司经局正字为从九品，无定员，府丞、主簿、录事一如过往。”
朱由崧随后补充道：“詹事府詹事、少詹事、左右春坊学士、左右庶子、左右谕德、左右中允、左右赞善、左右司直郎、左右清纪郎、左右司谏具都要有地方施政经验、且大计为上佳者方可入选；以便就朝廷政策是否符合地方施政情况提出建议。”
“今后，内阁票拟、司礼监批红时都应多征询翰林院、詹事府，以免偏颇！”
朱由崧虽然保留了詹事府，但对詹事府的改造不可谓不大，所以，面对这么多的信息量，在场的大臣小臣们一时间有些懵圈。
但朱由崧却不管不顾的往下说道：“都察院和六科亦要保留；其中，六科类比唐时门下省，所以都给事中定为正五品、每科一员，六科左右给事中定为正六品、每科两员，六科给事中定为正七品，暂时先按现有规模设置人员，日后再根据官职改革措施进行必要修订；都察院这块，左都御史一员、正二品，右都御史一员、从二品，左副都御史一员、正三品，右副都御史无定员、从三品，左佥都御史三员、正四品，右佥都御史无定员、从四品；各道置监察御史三人，其中一人出为本道巡按，任期两年，剩余两人可参与巡盐御史、巡漕御史、巡城御史的选拔；巡按、巡盐、巡漕及巡城御史为从五品、普通监察御史为从六品。”
“六科即为唐之门下省，选官当由久历政务之官员充任，今后，内阁决议下达前由六科审定，凡六科觉得不妥当的依旧可以照例驳斥，但决议下达后，六科无权再做质疑和反对；此外，六科可就同一决议驳回三次，若内阁不做修订或第三次修订后仍不能使六科满意却依旧要强行施行者，六科相关官员去职，相关决议由后续继任者审定，若后续继任依旧驳回，则内阁相关倡议者去职！”
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与其说朱由崧改革后的六科像唐代门下省，还不如说，更像另一时空的议会和议员，但这个议会和议员只有审核权，没有提案权，并且一应审核权都是针对内阁的，对于皇帝旨意并无多大反抗能力。
所以，朱由崧说完之后，心思敏捷的兵科都给事中唐沂就探问道：“陛下，若六科觉得旨意不妥，怎么办？”
朱由崧身边的司礼监秉笔、御用监掌印田楷沿道：“言之有理有据者亦可驳回两次，但第三次，总要尊重君上大权的。”
明代大臣总是想骗廷杖，所以一直喜欢与皇帝硬顶，但朱由崧并不惯着他们，因此，田楷的话听起来没有特别的，但内中杀机隐现，非局内人不足以体会。
唐沂一下子哑壳了，于是，朱由崧继续道：“今后御史一职，当与给事中一样，授予有足够多施政经验的官员，并且在朝廷决议施行前，御史不得反对，但可以在施行后，就不良结果对内阁、各部寺院、六科进行弹劾。”
也就是说，今后六科管事前，御史管事后，至于御史风闻奏报的权力，也没有被限制，但至少减少了喷子一半的口水。
说起来，对于给事中、御史的地位提高，在场的六科都给事中们的感受是复杂的，这是因为随着给事中、御史的地位提高，他们肯定要离开现在的位置，而不是因为机构升级自己也跟着升级了，所以，看着单位蒸蒸日上，自己却分不到好处，甚至不能拒绝，自然有些不平了。
朱由崧也不管六科都给事中们怎么想的，自顾自的说道：“国子监、通政司、中书科、行人司、钦天监（国家天文台）、上林苑监（国家育种所），这些都可以保留下来，但细微之处还要进行必要的调整。”
在场人听明白了，朱由崧要改的是六部五寺这些具体行政部门。
“至于僧录、道录、教坊各司，也可以保留，但朕的意思，应该归并在礼部名下。”朱由崧说到这，停了下来。“行了，关于官制更定，今天就说这么些，现在说些别的······”