刘辩在布置完地方上的安排，就把精力放在了中央机构上，像杨彪，马日单，蔡邕那批老臣都是放在了中央任职，各自的职位也均是按照原先在洛阳的那样。其中原任汉中郡太守何昆被调回来之后，被刘辩任命为自己的情报兼保镖机构锦衣卫的指挥使。处理自己的私事上，刘辩还是重用自己家人，何昆是自己死去的舅舅何进的次子，原先因为在军事谋略上出众被卢植举荐做了汉中郡太守，当他听说了自己这个表弟回到南阳老家拉起了队伍准备和董卓死磕的时候，也送来大批军事物资。最后直接交出了汉中太守的大印，到了自己身边做了锦衣卫的指挥使。
穆桂英，杨延琪两位大美女则是组建了自己身边的保镖性质的禁军虎卫，廖化和周仓等一些招募的武艺高强之士纷纷补充道里面来。
刘辩对于汉代的军队制度做出了很大的改变，在吸收了唐宋元明清和南北朝五代十国等时期的军队制度，刘尧将目光放在了隋唐时期的“府兵制”和明朝的“卫所制度”。因为历史已经见证了在一个政权开始兴起的时候，这两种兵制法是尊容易调动军队全部实力和节约成本的制度。
府兵制原起于北魏时期鲜卑人当兵、汉人务农的政策。府兵全家可以免除赋役，当兵成为鲜卑人的专利，这政策明显地带有民族隔离的色彩。到了北周后期，迫于形势，汉人也被募充作府兵。杨坚为北周大丞相时，就下令西魏受赐鲜卑姓的汉人可恢复汉姓，开始破除了鲜卑人当兵、汉人务农的规定。隋开皇十年(590年)，文帝又下令府兵全家一律归入州县户籍，受田耕作，变军籍为民籍，兵士本人则由军府统领。这一措施不但使农业户口大增，促进了农业的发展，而且更适应了民族融合和时代趋势，有利于民族团结和国家统一。
卫所制度又称卫所制为明朝的最主要军事制度，为明太祖所创立，其构想来自于隋唐时代的府兵制。明代在与元朝及元末群雄争战期间，军队的来源，有诸将原有之兵，即所谓从征，有元兵及群雄兵归附的，有获罪而谪发的，而最主要的来源则是籍选，亦即垛集军，是由户籍中抽丁而来。除此之外尚有简拔、投充及收集等方式。此外，明朝中期以后又有强使民为军的方式，不过都属於少数，卫所制仍然是最主要的军制。
明代自京师达于郡县，皆设立卫、所，外统于都司，内统于五军都督府。也就是说，卫、所分属于各省的都指挥使司，各省的都指挥使司又由中央的五军都督府划片管辖(云南都指挥使司隶属于中央右军都督府)。都指挥使司下辖若干个卫，卫下辖一定数量的千户所和百户所。
这两种制度的缺陷就是军人的土地问题，由于随着人口的增长，一块土地的粮食生产量不变，但是要养活更多的军人家属，再加上土地到后来越风月少，每个人得到的也就越来越少加上浩强地主的土地兼并，最终引起这两种兵役法的奔溃。
宋朝军制遵循“强干弱枝，内外相维”的原则。禁军中最精锐的殿前军驻守在京城，侍卫亲军驻扎在各地。京城的人马最为精强，各方镇知道兵力不敌，不敢造反。这就是“强干弱枝”。如果京城有变，在各地驻扎的禁军联合地方的兵力，也足够对付变乱。这样就“内外相制，无轻重之患”，这就是“内外相维”。
兵符出于枢密，而不得统其众；兵众隶于三衙，而不得专其制。”枢密院有调兵之权，却不掌管军队；三衙掌管军队，却无调兵之权；遇有战事，由皇帝任命率臣领兵出征，从而实现了“发兵之权”与“握兵之重”的分离。这种体制对于消除中唐以来绵延200多年藩镇割据的局面，确实起到了重大作用。在平定各地割据政权的过程中，各小国军队中的精兵被收编入禁军，编入殿前司.北宋和南宋的军事制度有许多不同之处，但总的是吸取晚唐、五代军阀割据的教训，皇帝加强集权，削弱大将兵权，以文臣御武事；集中大量财力、物力，供养大批招募来的军队，募兵制始终居于极其重要的地位。
刘辩结合这三种不同的制度，将卫所制度和府兵制里面的民事管理部分切除，收归于地方的太守手中。创立了带有自己特色的“卫所制度”。将他变成了单纯的军事管理制度，另外一方面也成了以野战军团为中心的“中央军”模式。地方卫所军负责地方的安靖事物，打击匪盗山贼，军队里的士兵操练要达到五日一操的程度。
在各个大的周郡和关塞则是成立了禁军，这些都是从各地臭选上来的精锐士卒，是以后刘尧征战天下的资本。两种军队的共同点都是直接接受皇帝下辖的五军都督府和枢密院管理，均发放土地供给军人的家人耕种。只是禁军的土地很多都不是在附近，因为禁军是要换防驻扎。
就这样，刘辩通过自己的军事改革，将各地的分散的军事力量全部抓到了自己的手里，成立以骁果卫，千牛卫，羽林卫，金吾卫，金蛇卫，骁骑卫，键锐卫，神机卫等八大卫为首的八大护卫。每个卫军设置了卫都督，以下的是卫指挥使等机构。
为了防止出现宋朝时期禁军缺少竞争机制而导致战斗力下降的问题，刘尧又发布了在两个阵营里实行上下待遇调整的方法，在地方卫军表现好的都可以到禁军里，二禁军里的官兵也会因为自己的原因调到卫军里。这些都是为了激励官兵刻苦训练，作战勇敢的政策。
从登记到现在花了将近一个月的时间，刘辩总算把各种最新建成的制度推广了下去，接下来的事就是交给杨彪，荀攸他们的时候了。处理完最后一批公文，刘辩对自己的表现很是满意。还走到演武场上拿起两极剑舞了几遍，弄得满身大汗后，人才停了下来。
静悄悄的夜里，脑海中的系统提示声响起：“叮咚……猪脚独立完成国家政务筹划，政治大幅提升5点，目前的政治能力已提升到70.”
“啧啧……一下子增加了5点呢，不错，不错！”意外的收获让刘辩高兴不已，继续询问系统：“朕几个月来勤学武艺，游泳，登山，骑马射箭各种运动做了个遍，还亲手斩杀了不少山贼，不知道武力有没有增加？”
“叮咚……宿主一战手刃贼兵三十八人，武力提升3点，勤学武艺加强身体敏捷和韧性，武力提升3点，目前的武力已经提升到了50.”
“叮咚……宿主用亲手制定了具有自己特色的军事制度，统帅和智力各提升5点，目前的智力已经提升到90，统帅值已经提升到了45.”
“叮咚……宿主威压孙坚，增加魅力1点。施行仁政治理地方，解放被地主豪强压迫的平民百姓，增加魅力1点。宿主依靠自己治国有方的文采影响陆康和严颜等地方官员投效，增加魅力3点。魅力总计增加5点，目前已经提升到了60.”
“目前宿主各项属性如下——武力50，统率45，智力90，政治70，魅力60.”
听完了自己的各项能力值，刘辩很是满意：“不错，不错，各项数值都有所提升，看来朕果然在向‘上马能横槊，下马能赋诗’的全能帝王发展！”
这一天，有些空闲的刘辩来到了穆桂英他们操练士兵的地方。不过，当刘辩来到穆桂英操练士兵的地方之时，却是被眼前的景象惊呆了。
只见五千余士兵组成地五十个小方阵正在操场里迅速的组成一个个小方阵，随后又合成五个整齐的大方阵，由五个方向朝着操场的中心汇集而去。穆桂英从腰上拔出了今旗，用力一挥，三声短促地竹哨声后，五千余士兵，五个巨大的方阵突然起了变化，汇集成了一个巨大的长方体，最终全都站到了操场之上原地踏步了起来，变化之突然，军容之肃整，五千人，没有一个士兵出一个异常的声响，也没有喧闹声，笔直的对队，就像是一条条的直线。
紧接着，就看见穆桂英惇对着士兵们大喊一声：“稍息！”唰！五千名士兵分腿背手而立，剽悍的士卒，齐整的军容军纪，使得从没见过后世军队阵容的刘辩为之大开眼界。
随后穆桂英又是大喊：“起枪。”士兵们闻言，又是“唰！”的一声扎起了马步，随后又举起了手中的长枪。等到穆桂英大喊一声：“刺！”之后，五千余士兵猛地大喝一声：“哈！”动作整齐而划一的把手中的长枪向前一刺。那气势，刘辩只觉得就算是有同等数量的骑兵也冲不过这一片枪林。
看到这里，刘辩忍不住自己心中的激动，走到穆桂英的身旁，急切的问道：“桂英，这些士兵你是怎么训练的，你是怎么令他们做到这样动作整齐划一，如使臂唤的？”
闻言穆桂英说道：“陛下，什么怎么训练的呀！这些都是臣妾的功劳，这几年臣妾在家苦读兵书，想出了不少训练军队的妙招，就算是用这些新兵来看看子孝的成果如何？”
“那你们就不要辜负了穆王妃的成果，好好的把这群新来的家伙给我炼成一只铁壁雄狮。”刘辩看着场中站起来犹如树木的士兵，想到自己将会打出自己的一番天地。